結核菌の耐性は自然にある一定頻度で発生する。発病した症例では結核菌の量が多く、耐性菌の数も多いことになる。単剤投与では一時的にははよくなるが、耐性菌のみが残りまた悪化してくる。

しかし感染して発病しない状態、予防投薬を行うような段階では結核菌の数はごく少数と考えられる。したがって自然発生の耐性菌数は非常に少ないと思われ、単剤投与で治療が可能と考えられる。